Finanziell unterstützt wurden die Projekte der IBH von Anfang an durch Interreg „Alpenrhein-Bodensee-Hochrhein“, einem Förderprogramm der Europäischen Union für nachhaltige regionale Entwicklung, an dem Schweiz beteiligt ist.

In der Anfangsphase von 1999 bis 2000 war der Aufbau der IBH-Geschäftsstelle Gegenstand eines Interreg-II-Projekts. Nachdem das Büro mit Erfolg arbeitete, wurde mit der projektorientierten Kooperation der Mitgliedshochschulen begonnen. Von 2002 bis 2005 sollten Verfahren und Resultate erprobt und erarbeitet werden. Dies geschah im Rahmen des Interreg-III-A-Projekts Nr. 58 “IBH-Hochschulkooperationen” mit einem Gesamtprojektvolumen von 1,5 Mio Euro. Die Kofinanzierung übernahmen die Internationale Bodensee-Konferenz IBK im Rahmen einer Leistungsvereinbarung und die Mitgliedshochschulen (Infrastruktur u.a.).

Seit 2006 stellen die Länder und Kantone der IBK der IBH im Rahmen einer zweiten Leistungsvereinbarung ein jährliches Budget von 500.000 Euro zur Verfügung.